Η Ellinair για την καλοκαιρινή σεζόν 2016 έχει προσθέσει έναν σημαντικό αριθμό προγραμματισμένων πτήσεων, κυρίως από το Ηράκλειο και τη Θεσσαλονίκη. Οι προσθήκες δρομολογίων έχουν ως εξής:
23 ΑΠΡΙΛΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Μόσχα 1 εβδομαδιαία πτήση και σταδιακή αύξηση έως και 7 εβδομαδιαίες από 05Ιουνίου ‘16, με αεροσκάφος 737-300
24 ΑΠΡΙΛΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Κίεβο Borispil 1 εβδομαδιαία πτήση με αεροσκάφος 737-300
28 ΑΠΡΙΛΙΟΥ 2016 Θεσσαλονίκη – Κρασνοντάρ κάθε 10-11 μέρες, 737-300 / A319
30 ΑΠΡΙΛΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Αγ. Πετρούπολη 2 εβδομαδιαίες πτήσεις. Επιπλέον πτήση θα λειτουργεί κάθε 10-11 ημέρες από 07 Ιουνίου 2016, με αεροσκάφος τύπου 737-300
06 ΜΑΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Φρανκφούρτη 1 εβδομαδιαία πτήση, 737-300
07 ΜΑΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Αμβούργο 1 εβδομαδιαία πτήση, 737-300
08 ΜΑΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Βερολίνο Τέγκελ, 1 εβδομαδιαία πτήση, 737-300
08 ΜΑΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Μόναχο 1 εβδομαδιαία πτήση, 737-300
26 ΜΑΙΟΥ 2016 Θεσσαλονίκη – Ταλίν – Ρίγα – Θεσσαλονίκη Κάθε 10-11 μέρες μέχρι 10 Οκτωβρίου 2016, 737-300
28 ΜΑΙΟΥ 2016 Θεσσαλονίκη – Dniepropetrovsk 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 01 Οκτωβρίου 2016, με αεροσκάφος Avro RJ85
31 ΜΑΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Σαμαρά Κάθε 10-11 μέρες μέχρι 04 Οκτωβρίου 2016, 737-300
02 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Κέρκυρα – Ροστόφ Κάθε 10-11 μέρες μέχρι 06 Οκτωβρίου 2016, 737-300
02 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Κατοβίτσε 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 06 Οκτωβρίου 2016, 737-300
02 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Βαρσοβία 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 06 Οκτωβείου 2016, 737-300
06 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Βουκουρέστι 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 19 Σεπτεμβρίου 2016, 737-300
07 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Θεσσαλονίκη – Κατοβίτσε 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 04 Οκτωβρίου 2016, με αεροσκάφος A319
07 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Θεσσαλονίκη – Βαρσοβία 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 04 Οκτωβρίου 2016, με αεροσκάφος A319
14 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Βελιγράδι Κάθε 10-11 μέρες μέχρι 16 Σεπτεμβρίου 2016, 737-300
22 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Ανόβερο 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 20 Ιουλίου 2016, 737-300
22 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Λειψία 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 27 Ιουλίου 2016, 737-300
11 ΙΟΥΛΙΟΥ 2016 Ηράκλειο – Ντίσελντορφ 1 εβδομαδιαία πτήση μέχρι 22 Αυγούστου 2016, 737-300